La SBF attribue régulièrement les prix et récompenses suivantes :
Le prix de Coincy récompense une recherche en taxinomie publiée en français ou en latin.
Le prix Gandoger de phanérogamie récompense une recherche portant sur les plantes à graine
Le prix Gandoger de cryptogamie récompense une recherche portant sur les algues, les bryophytes, ou encore les fougères ou plantes alliées.
Le prix du Conseil récompense l’action d’un·e des membres en faveur de la vie de la société
Le prix de thèse récompense le travail d’un·e doctorant·e
Une bourse de recherche, également appelée « Prix Jussieu » est attribuée annuellement aux auteurs du meilleur article paru dans notre revue Botany Letters.